Wakacje roku 1965 wyznaczają początek przygody żeglarzy związanych z Klubem Santa Maria. Przy kościele św Stanisława Kostki na warszawskim żoliborzu ksiądz Józef Smoliński wraz z grupą ówczesnych licealistów – min. Tomasz Śnieżek, Maciej Jurkowski, Paweł Paciorkiewicz, Krystyna Gumkowska (Jurkowska), Tomasz Kłosowiak (Jowisz), Witold Chmielak – postanowili wspólnie spędzać wakacje. W sezonie 1964 zorganizowali spływ kajakowy, a w sierpniu kolejnego roku z wyprzedzeniem zaplanowali rejsy po jeziorach mazurskich.
Pierwszymi zaproszonym uczestnikami rejsów spoza grupy byli Zula i Andrzej Wielowieyscy, ówczesny sekretarz Klubu Inteligencji Katolickiej. Dzięki współpracy rozpoczętej na rejsie już 23 listopada 1965 roku Zarząd KIK zaakceptował powstanie sekcji Żeglarskiej przy Klubie. Oficjalnie Sekcja Żeglarska nr 6 powstała przy Kole PTTK 446 i dopiero po latach przyjęło nazwę Santa Maria. Koło PTTK 446 zostało założone przy CUW Libella, przedsiębiorstwie będącego współwałsnością warszawskiego KIK. Pierwszymi komandorami Klubu na przemian byli Maciej Jurkowski oraz Tomasz Śnieżek.
Jesień 1965 to oficjalna data rozpoczęcia działania Sekcji – niemniej już wcześniej bo w zimie 1965 rozpoczęto budowę flagowej jednostki – Prototypa, którą testowano już na wiosnę. A latem (w sierpniu) odbyła swój pierwszy rejs po mazurach.
